Spring'16になってLightning Experienceのナビゲーションメニューをカスタマイズできるようになりました。設定にナビゲーションメニューが新しく追加されています。

新規ボタンをクリックすると新しいメニューを作成できます。

ドラッグ&ドロップで表示したいメニューを選択できます。

最後にこのメニューを利用するプロファイルを指定します。

これでナビゲーションメニューの作成とプロファイルへの割り当てが完了しました。

標準オブジェクトだけでなく、VisualforceタブやLightningComponentタブも表示できます。

Salesforce Classicではホームタブを必ず表示する必要がありましたが、Lightning Experienceでは非表示にすることもできました。

新しく追加されたナビゲーションメニューの設定ですが、Salesforce Classicからはアクセス出来ないようになっていました。

プロファイルの設定画面からナビゲーションメニューの割り当てもできないみたいでした。
ちなみにタブのアイコンはタブ設定の独自のスタイルから変更できます。


好きなアイコンに指定できますが、カラフルなアイコンにすると標準アイコンとの色の違いが少し気になるかもしれません。
あと割り当てられたナビゲーションメニューを削除するとデフォルト設定が自動で割り当てられていました。