MavensMate for AtomではLightning開発も行うことができるようになっています。
EclipseやSublimeTextの開発では最新のApex情報を取得するとき、Refresh from Serverという感じで更新できましたが、AtomではClean Projectで更新できます。
ところが、Lightningコンポーネントの最新情報を取得しようとしたときにうまく取得できない問題に遭遇しました。。『package.xml』にLightningの設定がなかったことが原因と思われます。。
調べてみたところ、package.xmlの設定にLightning関係の情報を追加したい場合は『AuraDefinitionBundle』と指定すればいいみたいです。
<types> <members>SampleComonent</members> <name>AuraDefinitionBundle</name> </types>
membersのところを * に指定して更新することで、すべてのLightningバンドルの最新情報を取得することができました。