レポートの検索条件には$User.EmployeeNumberというようなグローバル変数を指定することはできません。こうした条件指定を行いたい場合は数式項目でフラグを用意する方法での対応が必要になります。
IF(EmployeeNumber__c = $User.EmployeeNumber ,true , false)
これでログインユーザの従業員番号情報と一致する従業員番号を持つデータを判別するといったことが可能になります。
動的に絞り込みたい条件分数式項目が必要になりますがこの方法で動的な条件指定が可能になります。詳細はこちらのヘルプにまとめられていました。
またURLパラメータをつかった絞り込みを行う方法があります。ClassicとLightning Experienceでパラメータの指定方法が異なるので設定の際には注意が必要ですが状況に応じて活用できそうです。
