NPO向けAppExchangeパッケージ『NPSP Packages』のアンインストール手順についてまとめられたサイトがありました。
NPO向けのパッケージは複数のパッケージで構成されています。
- Nonprofit Starter Pack/Nonprofit Success Pack
- Affiliations
- Relationships
- Recurring Donations
- Households
- Contacts & Organizations
順番どおりにアンインストールをいないと連動関係でエラーになることがあります。また、Sandbox組織ではアンインストールできなものが本番ではうまくいかない場合がありました。どうしてもうまくいかない場合はサポートへの連絡するのが良さそうです。
また、レコードタイプとプロファイルの紐付けを除外するのに悩むかもしれません。下記リンク先の方法で対応できると思います。