Lightning Experienceの編集ボタンですがSalesforce Classicのレイアウト設定と異なる内容が表示されています。
Lightning Experienceの編集ボタンの領域は「Salesforce1 および Lightning Experience アクション」で設定する仕様となっているためです。
レンチアイコンをクリックするとカスタマイズできます。
Classicとは別に独立する形で設定が可能となっています。配置した標準アクションの内いくつかの種類はExperienceでサポートされていないものがあるようです。こちらはSalesforce1用の設定でも利用されるのでそのために配置できるのだと思います。
ひとつずつ設定する必要があるので少し大変ですが、設定しておくと使いやすくなると思います。またAppExchangeアプリをインストール時にアクションが追加されていることもあります。関係の無いオブジェクトにアクションを表示させても利用者が迷うだけなのできちんとメンテナンスしておくと良さそうです。
