Summer'15のバージョンアップで追加された『System.moveFlexQueueJob』を利用すると待機中のジョブの実行順序を変更できるみたいです。
実際に動かせてはいないのですが次のような感じだと思います。
String jobId = Database.executeBatch(new AccountSampleBatch(), 200); Integer positionNumber = 1; Boolean isSuccess = System.moveFlexQueueJob(jobId, positionNumber);
JobIDはApexジョブで確認できるApex ジョブ IDのことだと思います。