config.jsを読み込むことでConfig情報をカスタマイズできます。
<script type="text/javascript">
CKEDITOR.config.customConfig = '{!$Resource.myckConfig}';
CKEDITOR.replace('{!$Component.ckInputTextAreaId}');
</script>
JSファイルサンプル
CKEDITOR.config.toolbar = [
['Cut','Copy','Paste','PasteText']
];
上記JSファイルサンプルの場合、ボタン表示がカスタマイズされます。